Juan Férnandez-Recio: шукати на сайті Z-Library

Moal, Iain H, Moretti, Rocco, Baker, David, Fernández-Recio, Juan

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 436 KB

english, 2007

Scoring functions for protein–protein interactions

Журнал:

Juan Madoz, Juan Fernández-Recio, Carlos Gómez-Moreno, Vı́ctor M. Fernández

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 833 KB

english, 2013

Investigation of the diaphorase reaction of ferredoxin-NADP+ reductase by electrochemical methods

Журнал:

Bioelectrochemistry and Bioenergetics

Рік:

1998

Мова:

english

Файл:

PDF, 112 KB

english, 1998

Prediction of protein-binding areas by small-world residue networks and application to docking

Carles Pons, Fabian Glaser, Juan Fernandez-Recio

Журнал:

Juan Fernández-Recio, Maxim Totrov, Ruben Abagyan

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 471 KB

english, 2011

Structural characterization of unphosphorylated STAT5a oligomerization equilibrium in solution by small-angle X-ray scattering

Pau Bernadó, Yolanda Pérez, Jascha Blobel, Juan Fernández-Recio, Dmitri I. Svergun, Miquel Pons

Журнал:

Protein Science

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 490 KB

english, 2009

ICM-DISCO docking by global energy optimization with fully flexible side-chains

Журнал:

Juan Fernandez-Recio, Max Totrov, Constantin Skorodumov, Ruben Abagyan

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 445 KB

english, 2003

Optimal docking area: A new method for predicting protein–protein interaction sites

Журнал:

Juan Fernández-Recio, Ruben Abagyan, Maxim Totrov

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 296 KB

english, 2005

Improving CAPRI predictions: Optimized desolvation for rigid-body docking

Журнал:

Daniel Fernández, Josep Vendrell, Francesc X. Avilés, Juan Fernández-Recio

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 214 KB

english, 2005

Structural and functional characterization of binding sites in metallocarboxypeptidases based on Optimal Docking Area analysis

Журнал:

Daniele Bonivento, Daniela Pontiggia, Adele Di Matteo, Juan Fernandez-Recio, Gianni Salvi, Demetrius Tsernoglou, Felice Cervone, Giulia De Lorenzo, Luca Federici

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 708 KB

english, 2007

Crystal structure of the endopolygalacturonase from the phytopathogenic fungus Colletotrichum lupini and its interaction with polygalacturonase-inhibiting proteins

Журнал:

Solène Grosdidier, Carles Pons, Albert Solernou, Juan Fernández-Recio

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 243 KB

english, 2008

Prediction and scoring of docking poses with pyDock

Журнал:

Milagros Medina, Ruben Abagyan, Carlos Gómez-Moreno, Juan Fernandez-Recio

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 220 KB

english, 2007

Docking analysis of transient complexes: Interaction of ferredoxin-NADP+ reductase with ferredoxin and flavodoxin

Журнал:

Laura Pérez-Cano, Juan Fernández-Recio

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.17 MB

english, 2008

Optimal protein-RNA area, OPRA: A propensity-based method to identify RNA-binding sites on proteins

Журнал:

Carles Pons, Solène Grosdidier, Albert Solernou, Laura Pérez-Cano, Juan Fernández-Recio

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 442 KB

english, 2010

Present and future challenges and limitations in protein–protein docking

Журнал:

Carles Pons, Albert Solernou, Laura Perez-Cano, Solène Grosdidier, Juan Fernandez-Recio

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 364 KB

english, 2010

Optimization of pyDock for the new CAPRI challenges: Docking of homology-based models, domain–domain assembly and protein-RNA binding

Журнал:

Juan Fernández-Recio, Michael J. E. Sternberg

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 276 KB

english, 2010

The 4th meeting on the Critical Assessment of Predicted Interaction (CAPRI) held at the Mare Nostrum, Barcelona

Журнал:

Blundell, Tom L., Fernández-Recio, Juan

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 51 KB

english, 2010

Cell biology: Brief encounters bolster contacts

Журнал:

Nature

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 449 KB

english, 2006

Soft protein–protein docking in internal coordinates

Juan Fernández-Recio, Maxim Totrov, Ruben Abagyan

Журнал:

Protein Science

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 999 KB

english, 2002

A protein-RNA docking benchmark (II): Extended set from experimental and homology modeling data

Laura Pérez-Cano, Brian Jiménez-García, Juan Fernández-Recio

Журнал:

Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 937 KB

english, 2012

Prediction of protein binding sites and hot spots

Juan Fernández-Recio

Журнал:

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 576 KB

english, 2011

Established and Emerging Trends in Computational Drug Discovery in the Structural Genomics Era

Olivier Taboureau, Jonathan B. Baell, Juan Fernández-Recio, Bruno O. Villoutreix

Журнал:

Chemistry & Biology

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 786 KB

english, 2012

Editorial

Juan Fernández-Recio, Chandra Verma

Журнал:

Juan Fernández-Recio, Chandra Verma

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 103 KB

english, 2008

Theory and simulation: integrating models into experimental scenarios

Журнал:

Juan Fernandez-Recio, Chandra Verma

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 85 KB

english, 2010

Theory and simulation: complexity and emergence

Журнал:

Victor Martin Bolanos-Garcia, Juan Fernandez-Recio, Jorge E. Allende, Tom L. Blundell

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 165 KB

english, 2012

Identifying interaction motifs in CK2β – a ubiquitous kinase regulatory subunit

Журнал:

Trends in Biochemical Sciences

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.30 MB

english, 2006

Protein docking by Rotation-Based Uniform Sampling (RotBUS) with fast computing of intermolecular contact distance and residue desolvation

Albert Solernou, Juan Fernandez-Recio

Журнал:

Tammy MK Cheng, Tom L Blundell, Juan Fernandez-Recio

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.91 MB

english, 2010

Structural assembly of two-domain proteins by rigid-body docking

Журнал:

Solène Grosdidier, Juan Fernández-Recio

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.55 MB

english, 2008

Identification of hot-spot residues in protein-protein interactions by computational docking

Журнал:

Bernard Degryse, Juan Fernandez-Recio, Valentina Citro, Francescol Blasi, Maria Vittoria Cubellis

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 994 KB

english, 2008

In silico docking of urokinase plasminogen activator and integrins

Журнал:

Juan Fernández-Recio, Ana Vázquez, Concepción Civera, Paz Sevilla, Javier Sancho

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.88 MB

english, 2008

The Tryptophan/Histidine interaction in α-helices

Журнал:

Juan Fernández-Recio, Ana Vázquez, Concepción Civera, Paz Sevilla, Javier Sancho

Рік:

1997

Мова:

english

Файл:

PDF, 442 KB

english, 1997

The tryptophan/histidine interaction in α-helices

Журнал:

Juan Fernández-Recio, Antonio Romero, Javier Sancho

Рік:

1997

Файл:

PDF, 76 KB

1997

Energetics of a hydrogen bond (charged and neutral) and of a cation-π interaction in apoflavodoxin

Журнал:

Juan Fernández-Recio, Maxim Totrov, Ruben Abagyan

Рік:

1999

Мова:

english

Файл:

PDF, 321 KB

english, 1999

A model of a transmembrane drug-efflux pump from Gram-negative bacteria

Juan Fernandez-Recio, Fabien Walas, Luca Federici, J. Venkatesh Pratap, Vassiliy N. Bavro, Ricardo Nunez Miguel, Kenji Mizuguchi, Ben Luisi

Журнал:

FEBS Letters

Рік:

2004

Мова:

english

Файл:

PDF, 695 KB

english, 2004

Identification of Protein–Protein Interaction Sites from Docking Energy Landscapes

Журнал:

Vijayalakshmi Chelliah, Tom L. Blundell, Juan Fernández-Recio

Рік:

2004

Мова:

english

Файл:

PDF, 6.46 MB

english, 2004

Efficient Restraints for Protein–Protein Docking by Comparison of Observed Amino Acid Substitution Patterns with those Predicted from Local Environment

Журнал:

Vidya Chandran, Leonora Poljak, Nathalie F. Vanzo, Anne Leroy, Ricardo Núñez Miguel, Juan Fernandez-Recio, James Parkinson, Christopher Burns, Agamemnon J. Carpousis, Ben F. Luisi

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 851 KB

english, 2006

Recognition and Cooperation Between the ATP-dependent RNA Helicase RhlB and Ribonuclease RNase E

Журнал:

Carles Pons, Marco D’Abramo, Dmitri I. Svergun, Modesto Orozco, Pau Bernadó, Juan Fernández-Recio

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.50 MB

english, 2007

Structural Characterization of Protein–Protein Complexes by Integrating Computational Docking with Small-angle Scattering Data

Журнал:

Luca Federici, Adele Di Matteo, Juan Fernandez-Recio, Demetrius Tsernoglou, Felice Cervone

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 790 KB

english, 2010

Assembly and Channel Opening in a Bacterial Drug Efflux Machine

Vassiliy N. Bavro, Zbigniew Pietras, Nicholas Furnham, Laura Pérez-Cano, Juan Fernández-Recio, Xue Yuan Pei, Rajeev Misra, Ben Luisi

Журнал:

Molecular Cell

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.15 MB

english, 2008

Polygalacturonase inhibiting proteins: players in plant innate immunity?

Журнал:

Trends in Plant Science

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 284 KB

english, 2006

Apoflavodoxin: Structure, stability, and FMN binding

Susana Maldonado, Anabel Lostao, María Pilar Irún, Juan Férnandez-Recio, Carlos Gustavo Genzor, Elena Begoña González, Jose Antonio Rubio, Alejandra Luquita, Fatna Daoudi, Javier Sancho

Журнал:

Biochimie

Рік:

1998

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.39 MB

english, 1998

Efficient Relaxation of Protein–Protein Interfaces by Discrete Molecular Dynamics Simulations

Emperador, Agusti, Solernou, Albert, Sfriso, Pedro, Pons, Carles, Gelpi, Josep Lluis, Fernandez-Recio, Juan, Orozco, Modesto

Журнал:

Journal of Chemical Theory and Computation

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.08 MB

english, 2013

The Crystal Structure of the BAR Domain from Human Bin1/Amphiphysin II and Its Implications for Molecular Recognition †

Casal, Eva, Federici, Luca, Zhang, Wei, Fernandez-Recio, Juan, Priego, Eva-Maria, Miguel, Ricardo Nuñez, DuHadaway, James B., Prendergast, George C., Luisi, Ben F., Laue, Ernest D.

Журнал:

Biochemistry

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.18 MB

english, 2006

Expanding the frontiers of protein-protein modeling: From docking and scoring to binding affinity predictions and other challenges

Pallara, Chiara, Jiménez-García, Brian, Pérez-Cano, Laura, Romero-Durana, Miguel, Solernou, Albert, Grosdidier, Solène, Pons, Carles, Moal, Iain H., Fernandez-Recio, Juan

Журнал:

Moal, Iain H., Fernandez-Recio, Juan

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.09 MB

english, 2013

Intermolecular Contact Potentials for Protein–Protein Interactions Extracted from Binding Free Energy Changes upon Mutation

Журнал:

Journal of Chemical Theory and Computation

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.78 MB

english, 2013

The scoring of poses in protein-protein docking: current capabilities and future directions

Moal, Iain H, Torchala, Mieczyslaw, Bates, Paul A, Fernández-Recio, Juan

Журнал: